oqp.utils.qmmm
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.. py:module:: oqp.utils.qmmm


Attributes
----------

.. autoapisummary::

   oqp.utils.qmmm.force_field
   oqp.utils.qmmm.nonbondedMethod
   oqp.utils.qmmm.constraints
   oqp.utils.qmmm.rigidWater
   oqp.utils.qmmm.nSteps
   oqp.utils.qmmm.timeStep
   oqp.utils.qmmm.istate
   oqp.utils.qmmm.qm_atoms
   oqp.utils.qmmm.pdb_file
   oqp.utils.qmmm.pdb0
   oqp.utils.qmmm.forcefield0
   oqp.utils.qmmm.system0
   oqp.utils.qmmm.gradient_qmmm
   oqp.utils.qmmm.bonded_info
   oqp.utils.qmmm.covalent_radii
   oqp.utils.qmmm.kj_per_mol_to_hartree
   oqp.utils.qmmm.bohr_to_nm
   oqp.utils.qmmm.unit_charge


Functions
---------

.. autoapisummary::

   oqp.utils.qmmm.openmm_info
   oqp.utils.qmmm.openmm_dump
   oqp.utils.qmmm.openmm_update_system
   oqp.utils.qmmm.openmm_init
   oqp.utils.qmmm.openmm_system
   oqp.utils.qmmm.openmm_potential
   oqp.utils.qmmm.openmm_energy
   oqp.utils.qmmm.openmm_gradient
   oqp.utils.qmmm.form_gradient_qmmm


Module Contents
---------------

.. py:data:: force_field
   :value: None


.. py:data:: nonbondedMethod
   :value: None


.. py:data:: constraints
   :value: None


.. py:data:: rigidWater
   :value: False


.. py:data:: nSteps
   :value: 1


.. py:data:: timeStep
   :value: 1


.. py:data:: istate
   :value: 0


.. py:data:: qm_atoms

.. py:data:: pdb_file
   :value: None


.. py:data:: pdb0
   :value: None


.. py:data:: forcefield0
   :value: None


.. py:data:: system0
   :value: None


.. py:data:: gradient_qmmm

.. py:data:: bonded_info
   :value: []


.. py:data:: covalent_radii
   :value: [0.0, 0.354, 0.849, 1.336, 1.01, 0.838, 0.757, 0.7, 0.658, 0.668, 0.92, 1.539, 1.421, 1.244,...


.. py:data:: kj_per_mol_to_hartree
   :value: 0.000380879


.. py:data:: bohr_to_nm
   :value: 0.052917721092


.. py:data:: unit_charge

.. py:function:: openmm_info()

.. py:function:: openmm_dump(pdbfile=None)

.. py:function:: openmm_update_system(coordinates)

.. py:function:: openmm_init(atom_list)

.. py:function:: openmm_system()

.. py:function:: openmm_potential(xyz)

.. py:function:: openmm_energy()

.. py:function:: openmm_gradient(xyz, oqp_charges)

.. py:function:: form_gradient_qmmm(gradient_qm, gradient_mm)